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明実学院内で、‘贖罪新聞’という謎の印刷物が学生を中心に出回るようになる。そこには彼らをドキッとさせる内容が書かれていた。「ご存知の通り、先日、我クラスの平松七瀬の父親が殺人容疑で逮捕された。平松七瀬を裁くのは我々以外にはいない。それが彼女の贖罪なのだ!」記事に触発された不良グループのリーダー・大張は、仲間と共に七瀬を空き教室に連れ込み‘贖罪’と称して彼女をねらう。
知佳を付け狙う謎の組織は生体兵器シルバ-レイを送り込む。知佳を守ろうとシルバーレイと対峙するリスティ。しかし、次第に明らかになっていく二人の関係とは…時を同じくして、管理人の神奈と圭吾がさざなみ寮に帰ってきた。自分の役目は終わったと、寮を去る決心をする耕介。そのことを知ってしまった知佳は愕然とする…
いま寮では薫の受験、みなみの推薦と卒業後の話が持ち上がりはじめている。みんないつまでもこのさざなみ女子寮にいられる訳ではないのだ。そして、耕介が管理人を止めるかもしれないという話…「冬は、きらい…。別れの予感がする…季節だから」不安と寂しさ、切なさの中で知佳の心は木枯らしに揺れている。
忙しいバンドのメンバー…のハズが、リーダー悠一だけは気もそぞろ。女子大生の・久美子に誘われ、すっかり舞い上がってしまっていたのだ。練習を早く切り上げ、久美子と出かける悠一にメンバーはカンカン。さおりも同じだが、自分でも意外な気持ちにとどまっていた、コレって嫉妬なの?
受験勉強に明け暮れる庄司は、予備校の窓から、スレ違って別れたままの琴を見つけてドキドキ。もう勉強どころじゃない!?見かねた恭平は、悠一のライブに二人を呼んで、再会させようと計画するが…。
幼い日、公園の大樹の下…ペンダントに誓った再会の約束。あの日の2人のピュアなハートは、またひとつになれるのか…。6年前に引っ越していった幼なじみの智也に思いを寄せている、女子校生の深雪。夏休みのある日、久しぶりの再会を果たした二人だが…。
巨大海洋都市。アンドルード海洋学園の海洋学生、京夜は3年前不慮の事故で意識を失っている如月美夕を助けた。 美夕はそれ以来、京夜に淡い想いを抱いている。美夕の双子の妹、優美は姉を応援しながらも京夜に対する複雑な想いに揺れ動いている。 両親を亡くした姉妹は互いを思いあって明るく生きていくが、実は優美は両親が作った生体アンドロイドだったことが判明して…