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国連の指揮下に入ったスピリッツ。世界に点在している異生命体の掃除作戦が開始される。桂とアマラの関係を知ったナオキは、スピリッツを去る決意をする。遣り切れない思いを胸に秘めたまま…。その頃、桂とアマラの二人がデヴァダシーに乗り込むと、思い掛けない事態が発生していた。デヴァダシーの暴走！！迫られた選択…。桂とアマラの運命は…。
古代遺跡から発見された謎の少女…。その名は‘アマラ’。彼女に秘められた力を人類はまだ知らない…。一方、‘デヴァダシー’のパイロットになった桂は、ナオキとペアを組み敵の巣へと向かう。不安がるナオキ…。敵からの攻撃が始まる。辛くも勝利を納めたが、精神的ダメージを桂は受けてしまう。心配するナオキをよそに、桂は一人、少女の元へ、アマラの元へと…。
21世紀初頭、世界は謎の生命体の攻撃により、壊滅的な被害を受けていた。主人公・亜納桂は幼馴染みの松戸ナオキと共に、政府公認組織‘スピリッツ’の隊員募集に応募してしまい、そこで謎の少女・アマラと出会う。彼女に惹かれていく桂…。そんな中、桂は‘デヴァダシー’と呼ばれる謎のロボットのパイロットとなる。自衛隊では歯が立たなかった謎の生命体に、デヴァダシーが最終兵器として、今迎え撃つ！！
